E1: Equinox: Partea 2
Lansat: 22 Sep 1999
Ferită, pentru moment, de atacurile extratereștrilor, Janeway se concentrează să găsească nava Equinox, să îl oprească pe Ransom și să o salveze pe Seven of Nine.
E2: Instinct de supravieţuire
Lansat: 29 Sep 1999
Interesată de schimburi culturale și dorind să își facă prieteni într-un avanpost spațial, Janeway acordă permisii echipajului și se pregătește de oaspeți.
E3: Şlepul morţilor
Lansat: 06 Oct 1999
O furtună ionică îi lovește naveta, iar B'Elanna este rănită și intră în comă. La granița dintre două lumi, se vede ucisă de klingonieni care masacrează întreg echipajul.
E4: Spionul gândurilor
Lansat: 13 Oct 1999
Experimentele de reverie ale doctorului scapă de sub control când o rasă extraterestră îi controlează mintea și îi compromite programul.
E5: Alice
Lansat: 20 Oct 1999
Echipajul descoperă o groapă de gunoi interstelară în apropiere. Având nevoie disperată de provizii, echipajul întâlnește un negustor dornic să vândă.
E6: Enigme
Lansat: 03 Nov 1999
La întoarcerea dintr-o misiune, un extraterestru camuflat aparținând rasei xenofobe Ba'Neth urcă la bordul Delta Flyer și îl atacă pe Tuvok.
E7: Dinţii dragonului
Lansat: 10 Nov 1999
Nava Voyager este trasă într-un tunel din subspațiu și călătorește 200 de ani-lumină până când este atacată de cei din rasa turei, care susțin că labirintul le aparține.
E8: Un pas mic
Lansat: 17 Nov 1999
Nava Voyager întâlnește o elipsă graviton, un rar și periculos fenomen din subspațiu.
E9: Conspiraţia de pe Voyager
Lansat: 24 Nov 1999
Seven of Nine își perfecționează matca borg pentru a asimila cantități masive de date, ceea ce dă naștere unor teorii conspiraționiste la bordul navei Voyager.
E10: Proiectul
Lansat: 01 Dec 1999
Pe Pământ, lt. Barclay folosește hologramele pentru a deschide comunicațiile cu cei de pe nava Voyager.
E11: Refugiul păcii
Lansat: 12 Jan 2000
Echipajul participă la cel mai recent program al lui Paris pe holopunte, într-un orășel irlandez pitoresc, unde între Janeway și un cârciumar se înfiripă o idilă.
E12: Într-o clipită
Lansat: 19 Jan 2000
Voyager este blocată pe orbită deasupra unei planete ciudate pe care timpul se scurge de o mie de ori mai repede decât în galaxia înconjurătoare.
E13: Virtuozitate
Lansat: 26 Jan 2000
O specie apreciază veleitățile muzicale ale doctorului în așa măsură încât acesta cântărește posibilitatea de a demisiona pentru a rămâne în mijlocul milioanelor de fani.
E14: Memorialul
Lansat: 02 Feb 2000
Aflați într-o misiune, membrii echipajului încep să viseze specii nemaiîntâlnite, implicate într-un război crâncen pe o planetă necunoscută.
E15: Tsunkatse
Lansat: 09 Feb 2000
Seven of Nine și Tuvok sunt răpiți în timpul unei misiuni, iar Seven este forțată să lupte până la moarte într-o competiție cu gladiatori
E16: Micii răpitori
Lansat: 16 Feb 2000
Mai mulți copii borg îi răpesc pe Chakotay, Kim, Neelix și Paris.
E17: Posedaţii
Lansat: 23 Feb 2000
Noua vizită în orașul holografic Fair Haven se dovedește periculoasă pentru Paris și Kim, deoarece personajele văd membrii echipajului modificând elemente din program.
E18: În pământ te vei întoarce
Lansat: 01 Mar 2000
Reapare Lyndsay Ballard, o membră a echipajului care murise în timpul unei misiuni și fusese înmormântată tradițional în spațiu cu trei ani în urmă.
E19: Joc de copii
Lansat: 08 Mar 2000
Seven of Nine ar trebui să fie copleșită de fericire la vestea găsirii părinților lui Icheb, însă informațiile despre asimilarea lui inițială îi trezesc suspiciuni.
E20: Păstorul cel bun
Lansat: 15 Mar 2000
După ce evaluează eficacitatea navei, Seven of Nine menționează cele trei „oi negre” de la bordul navei, cărora nimeni nu le acorda atenția cuvenită.
E21: Adrenalină şi prosperitate
Lansat: 19 Apr 2000
Un trio iscusit de impostori care se dau drept Janeway, Chakotay și Tuvok fac afaceri în întreg cvadrantul și pătează reputația navei Voyager.
E22: Muza poeziei
Lansat: 26 Apr 2000
Kim și B'Elanna se urcă la bordul Delta Flyer pentru a căuta dilitiu, însă aterizează forțat pe o planetă rudimentară, unde un poet local o găsește pe B'Elanna.
E23: Furie
Lansat: 03 May 2000
Kes se întoarce pe Voyager. Bătrână, furioasă și mult mai puternică, taie și spânzură pe navă și apoi se întoarce în timp, încercând să schimbe cursul evenimentelor.
E24: Linia vieţii
Lansat: 10 May 2000
Proiectul Pathfinder folosește un pulsar și Stația Midas, cu ajutorul cărora Voyager primește și răspunde la comunicații la fiecare 32 de zile.
E25: Fantoma de pe puntea 12
Lansat: 17 May 2000
Neelix intră într-o stare bizară de agitație când la bordul navei Voyager se inițiază procedura de închidere completă înainte de a traversa o nebuloasă ciudată.
E26: Unimatrice zero: Partea 1
Lansat: 24 May 2000
Janeway vede ocazia de a se infiltra în rândul borgilor când Seven of Nine vizitează o lume virtuală în care dronele își păstrează individualitatea pentru scurt timp.