E1: Vânătoarea
Lansat: 21 Aug 2006
Michael și grupul său îl păcălesc pe Bellick, forțându-l să lase la comandă un agent special FBI care sparge codul din planul lui Michael.
E2: Otis
Lansat: 28 Aug 2006
Mahone îl folosește pe LJ pentru a-i ademeni pe Lincoln și pe Michael. Cei doi frați încearcă să îl salveze pe LJ dintr-un tribunal, ajungând față în față cu agentul FBI.
E3: Scanare
Lansat: 04 Sep 2006
Bunul cel mai de preț al lui Michael cade în mâinile lui Mahone. După concediere, Bellick își ia un partener pentru a-l ajuta să-i bage pe evadați înapoi în închisoare.
E4: Primul căzut
Lansat: 11 Sep 2006
Bellick îi prinde pe Michael și pe echipa lui, dar scopul lui nu este recompensa poliției. T-Bag este pe punctul de a da nas în nas cu poliția din Nebraska.
E5: Harta 1213
Lansat: 18 Sep 2006
Într-un final, frații ajung în Utah și constată că nu sunt singuri. Sara îl invită pe Kellerman la ea în apartament, fără să suspecteze nimic.
E6: Subdiviziune
Lansat: 25 Sep 2006
Milioanele sunt îngropate sub o casă locuită, iar Michael trebuie să încropească harta din mintea lui T-Bag. Mahone e tot mai aproape de a-și încolți prada.
E7: Îngropat
Lansat: 02 Oct 2006
Evadații găsesc comoara, dar Sucre are alte planuri. Lincoln riscă totul pentru a ajunge la LJ, iar Sara ajunge pe lista neagră a Companiei.
E8: Căzătură fatală
Lansat: 23 Oct 2006
Banii au dispărut, iar poliția îi urmărește îndeaproape. Singura cale de scăpare pentru Michael și Sucre este să traverseze râul, dar apele ascund o capcană mortală.
E9: Dezgropat
Lansat: 30 Oct 2006
Michael se duce la fosta soție a lui Mahone și reușește să-și dea seama care este secretul întunecat al acestuia. Kellerman este pe urmele Sarei.
E10: Întâlnire
Lansat: 06 Nov 2006
Bellick folosește tortura pentru a-l face pe T-Bag să-și dezvăluie secretul. Michael și Sara se reîntâlnesc, dar sunt curând întrerupți de Mahone.
E11: Băutura Bolșoi
Lansat: 13 Nov 2006
Pentru a se întâlni cu Michael, Lincoln trebuie să-l lase în urmă pe LJ. T-Bag scapă de poliție, dar consecințele sunt devastatoare. Kellerman o torturează pe Sara.
E12: Deconectat
Lansat: 20 Nov 2006
C-Note caută medicamente pentru fiica lui. Bellick devine subiectul unei investigații. Aldo aplanează conflictul cu Michael, dar plătește prețul suprem.
E13: Cutia ucigașă
Lansat: 27 Nov 2006
Michael și Lincoln sunt în drum spre Fox River, dar Mahone și Kellerman fac tot ce le stă în putință pentru ca frații să nu ajungă în viață la destinație.
E14: Necunoscutul
Lansat: 22 Jan 2007
Kellerman îi aduce pe Michael și pe Lincoln față în față cu Steadman, dar planurile lor se destramă. Bellick supără pe cine nu trebuie în penitenciarul Fox River.
E15: Mesajul
Lansat: 29 Jan 2007
Fugari alături de Kellerman, Michael și Lincoln își dezvăluie povestea pe un post național de televiziune. Michael îi transmite Sarei un mesaj codat.
E16: Chicago
Lansat: 05 Feb 2007
În timpul unui jaf dintr-un restaurant, C-Note se vede nevoit să pună în balanță sănătatea fiicei sale și viața unei chelnerițe. Kellerman rezolvă enigma cheii Sarei.
E17: Sânge rece
Lansat: 19 Feb 2007
Michael și Sara apelează la Pope pentru a obține dovezi care să îngroape Compania. Unul dintre evadați trebuie să aleagă între fiica sa și prietenii lui.
E18: Spălarea
Lansat: 26 Feb 2007
Michael, Lincoln și Sara află într-un final care este dovada care l-ar putea elibera pe Lincoln, dar au nevoie de încă un aliat din interior pentru a dezvălui adevărul.
E19: Dulce Carolina
Lansat: 05 Mar 2007
Michael ajunge în sfârșit față în față cu președintele. Lui C-Note i se oferă o cale de scăpare, cu condiția de a-l turna pe Mahone.
E20: Panama
Lansat: 19 Mar 2007
Frații se pregătesc să se îmbarce pe vapor în căutarea libertății, dar Sara este nevoită să se sacrifice pentru a le asigura siguranța.
E21: Sfârșitul drumului
Lansat: 26 Mar 2007
Michael este hotărât să ia cele 5 milioane de dolari și să pună capăt terorii instaurate de T-Bag. Sara ajunge în sala de judecată.
E22: Sona
Lansat: 02 Apr 2007
Surprinși de trădarea lui Mahone, Michael și Lincoln încearcă să se salveze. Procesul Sarei se schimbă complet atunci când își face apariția un martor-surpriză.