E1: Orientare
Lansat: 17 Sep 2007
În penitenciarul Sona, Michael se pune rău cu regele închisorii. Căutarea Sarei de către Lincoln are repercusiuni grave.
E2: Foc/Apă
Lansat: 24 Sep 2007
Michael încearcă să îl apere pe James Whistler, coleg de suferință, care îi poate deschide calea către libertate lui Michael. Între timp, Lincoln o verifică pe Sofia.
E3: Apel în așteptare
Lansat: 01 Oct 2007
După ce intră într-un impas, Michael află mai multe despre Whistler, care îi spune acestuia adevărul. Între timp, Lincoln încearcă să îi salveze pe Sara și LJ.
E4: Garduri rezistente
Lansat: 08 Oct 2007
Mahone începe să aibă halucinații, iar T-Bag urcă în ierarhia închisorii. Michael pune în mișcare planul de evadare.
E5: Interferența
Lansat: 22 Oct 2007
Michael încearcă să evadeze ca la carte. În penitenciar sosește un nou deținut care ar putea ști câte ceva despre trecutul lui Whistler.
E6: Fotografia de final
Lansat: 05 Nov 2007
Whistler e acuzat de crimă exact înainte de evadare. Mahone primește o ofertă mai bună, iar Lincoln și Sofia trebuie să-l adoarmă pe gardian.
E7: Haideți!
Lansat: 05 Nov 2007
Loialitatea nu e eternă, iar Michael și Whistler sunt nevoiți să lupte până la moarte. Puterea lui Lechero este compromisă.
E8: Foc și sânge
Lansat: 12 Nov 2007
Susan face o încercare disperată de a-l scoate pe Whistler din Sona cât mai curând, iar planul îi face pe toți ceilalți dispensabili.
E9: Încolțiți
Lansat: 14 Jan 2008
Noul director de la Sona îl bagă pe Michael la carceră, însă îi oferă și o rază de speranță. Mahone și T-Bag se alătură grupului care vrea să evadeze prin tunel.
E10: Somn în noroi
Lansat: 21 Jan 2008
Michael, Mahone, Whistler și Lechero încearcă să scape prin tunel. Sofia descoperă un portofel ascuns în geanta lui Whistler.
E11: Dedesubt și afară
Lansat: 04 Feb 2008
Michael aduce ultimele retușuri planului de evadare, însă camarazii săi încep să dea înapoi. Whistler ia în calcul o trădare când Sofia este amenințată.
E12: Iad sau apă mare
Lansat: 11 Feb 2008
Michael, Whistler și McGrady evadează din închisoare, însă planul ia o turnură proastă, iar schimbul este compromis.
E13: Arta negocierii
Lansat: 18 Feb 2008
În finalul sezonului al treilea, LJ și Whistler sunt schimbați, însă surprizele se țin lanț. Uneltirile lui T-Bag dau în sfârșit roade.