E1: Scylla
Lansat: 01 Sep 2008
Căutând să răzbune moartea Sarei, Michael primește vești incredibile. T-Bag este abandonat în Mexic în timpul fugii sale pentru a-și găsi libertatea.
E2: Oprirea și intrarea
Lansat: 01 Sep 2008
Grupul trebuie să pătrundă în casa bine păzită a lui Stuart Tuxhorn, un om al Companiei. T-Bag trebuie să facă totul pentru a supraviețui.
E3: Stingerea
Lansat: 08 Sep 2008
Michael și echipa au o zi la dispoziție pentru a găsi următorul posesor de card. Mahone vrea să se răzbune pe Wyatt.
E4: Vulturi și îngeri
Lansat: 15 Sep 2008
Pentru a găsi următorul card, Michael, Lincoln și Sucre trebuie să se strecoare la un eveniment caritabil al poliției. T-Bag trezește suspiciuni în prima zi de muncă.
E5: În siguranță
Lansat: 22 Sep 2008
Cu ajutorul lui Don, grupul trebuie să pătrundă în Trezorerie pentru a găsi următorul card Scylla. Gretchen reușește să scape.
E6: Afară
Lansat: 29 Sep 2008
Mahone este arestat, punând în pericol tot grupul și îndreptând atenția lui Wyatt spre el. Minciunile lui T-Bag ies la iveală.
E7: Drumul greu
Lansat: 06 Oct 2008
Lincoln, Sucre, Sara și Roland urmăresc un deținător de card în Las Vegas, unde dispozitivul lui Roland este confiscat după ce este prins folosindu-l la jocuri de noroc.
E8: Prețul
Lansat: 20 Oct 2008
Este pus la cale un plan pentru a obține ultimul card de la general, ajungându-se astfel la o alianță nedorită cu Gretchen. Însă există un trădător printre ei.
E9: Măreție
Lansat: 03 Nov 2008
Grupul trebuie să treacă printr-o conductă principală de apă de mare capacitate pentru a ajunge la Scylla. Între timp, T-Bag este interogat.
E10: Legenda
Lansat: 10 Nov 2008
Michael leșină și este dus la spital, iar Sucre calcă pe o mină. Secretul surprinzător al lui Trishanne iese la iveală.
E11: Revolta tăcută
Lansat: 17 Nov 2008
Grupul își continuă planul de a fura Scylla, în ciuda stării lui Michael. Între timp, Gretchen are probleme când vrea să pună mâna pe al șaselea card.
E12: Altruist
Lansat: 24 Nov 2008
Michael și ceilalți reușesc să obțină ultimul card Scylla chiar din sediul Companiei. Aceștia au parte însă de o surpriză teribilă.
E13: Înțelegere sau neînțelegere
Lansat: 01 Dec 2008
Grupul încearcă să facă față trădării lui Don, iar Lincoln e capturat. Don le ține pe fiica și pe sora lui Gretchen ostatice, astfel obligând-o pe aceasta să îl ajute.
E14: Doar afaceri
Lansat: 08 Dec 2008
Don și Gretchen, dar și Michael și Compania caută dispozitivul Scylla. T-Bag ține ostatică familia lui Gretchen și e nevoit să ia o decizie dificilă.
E15: Pe dedesubt
Lansat: 15 Dec 2008
În timpul operației, Michael are viziuni cu Westmoreland. Lincoln și Sucre încearcă să recupereze Scylla înainte ca Don și Gretchen să vândă dispozitivul.
E16: „Statul însorit”
Lansat: 22 Dec 2008
Lincoln, Don, Gretchen și T-Bag merg la Miami pentru a recupera Scylla. Michael face o descoperire șocantă despre mama lui în timp ce e ținut captiv.
E17: Mama
Lansat: 17 Apr 2009
Compania îi pune pe Lincoln, Mahone, T-Bag și Don să concureze împotriva lui Michael și a Sarei pentru a recupera Scylla și toate drumurile duc la mama celor doi frați.
E18: Împotriva
Lansat: 24 Apr 2009
Michael și Lincoln se ceartă cu privire la Scylla, iar Christina își pune planul în aplicare. T-Bag face o scenă la ambasada indiană.
E19: Fiul unei târfe
Lansat: 01 May 2009
Michael are o revedere dificilă cu Christina, care îi dă o veste șocantă despre Lincoln, iar Lincoln încearcă să oprească planul mortal al Christinei.
E20: Cowboy și indieni
Lansat: 08 May 2009
La hotelul Panda Bay se instaurează haosul după ce are loc un asasinat la conferința despre energia globală.
E21: Condițiile schimbului
Lansat: 15 May 2009
Vechi prieteni revin în joc pentru a-l ajuta pe Michael să distrugă Compania, iar Lincoln face o descoperire despre relația sa cu Michael.
E22: Măcelul
Lansat: 15 May 2009
Generalul îi prinde pe cei doi frați și mărește miza răpindu-le și mai multe rude, dar Michael fuge cu tot cu dispozitivul Scylla.