E1: Țara nimănui (2)
Lansat: 13 Jul 2006
Echipa încearcă cu disperare să oprească două nave-stup Wraith să ajungă pe Pământ. Sheppard trebuie să se bazeze pe un vechi dușman pentru a-i salva pe McKay și Ronon.
E2: Nelegitimi
Lansat: 20 Jul 2006
Echipa din Atlantida trebuie să decidă soarta unei colonii de Wraith pe care au transformat-o în oameni. Dr. Weir trebuie să-și apere funcția de conducere atunci când este evaluată de către I...
E3: Irezistibilul
Lansat: 27 Jul 2006
Echipa lui Sheppard întâlnește un om insuportabil, care este adorat de toată lumea datorită unui secret pe care îl poartă - și care are un efect neașteptat asupra lor.
E4: Sateda
Lansat: 03 Aug 2006
Ronon Dex este capturat de Wraith și reîntors în lumea sa de origine, unde este bântuit de trecutul său, fiind forțat să devină din nou prada lor.
E5: Descendenții
Lansat: 10 Aug 2006
Weir și echipa vizitează o civilizație avansată care sa desprins de Lanteani cu mii de ani în urmă, dar descoperă că nu au părăsit Atlantida cu gânduri pașnice.
E6: Lumea reală
Lansat: 17 Aug 2006
Elizabeth Weir se trezește într-o instituție de boli mentale, unde i se spune că expediția către Atlantida și Poarta Stelară sunt niște plăsmuiri ale imaginației ei.
E7: Interese comune
Lansat: 24 Aug 2006
Colonelul Sheppard se trezește prizonierul unui comandant Genii, împreună cu un Wraith înfometat, care a fost separat de stupul lui.
E8: McKay și doamna Miller
Lansat: 07 Sep 2006
Rodney McKay se reîntâlnește cu sora sa înstrăinată, pe Pământ, care a renunțat la o carieră strălucită ca om de știință pentru a-și întemeia o familie.
E9: Fantasmele
Lansat: 14 Sep 2006
Sheppard și Ronon sunt influențați de un dispozitiv de alterare a minții creat de Wraith în timp ce se află într-o misiune de salvare a unei echipe pierdute.
E10: Reîntoarcerea (1)
Lansat: 21 Sep 2006
Expediția de pe Atlantida este uluită să afle că o navă plină de Antici se întoarce să revendice orașul pierdut.
E11: Reîntoarcerea (2)
Lansat: 19 Nov 2006
Echipa din Atlantida ignoră ordinele de nu încerca să salveze Atlantida de controlul Replicatorilor - și de a nu-i salva pe generalul O'Neill și Richard Woolsey, care sunt prinși în orașul ocu...
E12: Ecouri
Lansat: 26 Nov 2006
Locuitorii Atlantidei încep să sufere efecte dăunătoare atunci când populația de balene a planetei începe să migreze spre orașul insular, aducând cu ea o prevestire neașteptată de distruge...
E13: Iresponsabilul
Lansat: 03 Dec 2006
Echipa descoperă că Lucius Lavin manipulează oamenii unei alte planete nefericite, folosind tehnologia antică pentru a se prezenta ca un erou invincibil.
E14: Calea lui Rodney
Lansat: 10 Dec 2006
După ce un dispozitiv antic îi dă lui Rodney puteri supraomenești, inteligența sa îmbunătățită este oprită numai de moartea sa iminentă - asta dacă nu poate învăța cum să evolueze.
E15: Jocul
Lansat: 17 Dec 2006
Sheppard și McKay descoperă că jocul lor video competitiv controlează o planetă de oameni reali, care acum stau la un pas de război.
E16: Arca
Lansat: 07 Jan 2007
Echipa descoperă ultimii supraviețuitori ai unei civilizații, în stare de hibernare, a căror supraviețuire este pusă în pericol atunci când stația lor este grav avariată.
E17: Duminică
Lansat: 11 Jan 2007
Echipa încearcă să se relaxeze în timpul unei zile libere obligatorii, până când o explozie se soldează cu trei morți - și dezvăluie că un om de știință nu este altceva decât o bomba c...
E18: Scufundarea
Lansat: 14 Jan 2007
Echipa descoperă o stație de foraj antică, aflata la mare adâncime sub suprafața oceanului, doar pentru a afla că o regină Wraith este încă în viață acolo.
E19: Răzbunarea
Lansat: 28 Jan 2007
Echipa din Atlantida investighează dispariția unuia dintre aliații lor, doar pentru a descoperi un vechi inamic, ce construiește prin tehnologie, o rasă de monștri puternici.
E20: Prima lovitură (1)
Lansat: 04 Feb 2007
O armă a cărei energie este de neoprit, lasă Atlantida sub asediu, după ce Pământul lansează un atac preventiv împotriva lumii unui inamic foarte puternic.