E1: Capcană umană
Lansat: 08 Sep 1966
Echipajul este urmărit de o creatură care își schimbă forma și extrage sarea din oameni. Când aceasta este adusă accidental la bord, Scotty trebuie să ia o decizie.
E2: Charlie X
Lansat: 15 Sep 1966
Puternicul mediu adolescent Charlie se teleportează la bord. Deși dorește să fie plăcut, îi atacă pe alții până când secretul puterilor sale îi este dezvăluit lui Kirk.
E3: Acolo unde nimeni n-a îndrăznit...
Lansat: 22 Sep 1966
În timp ce Kirk și Spock investighează o tragedie a Flotei Stelare, un prieten de-al lui Kirk capătă puteri supraomenești. Pentru a-l opri, Kirk concepe un plan riscant.
E4: Impostorul
Lansat: 29 Sep 1966
Un virus face ca echipajul de pe Enterprise să-și piardă complet autocontrolul, iar Sulu amenință echipajul cu o sabie, Spock plânge și Bones caută un antidot.
E5: Dușmanul din interior
Lansat: 06 Oct 1966
Transportorul de pe Enterprise se defectează și-l teleportează pe Kirk la bord împreună cu sosia sa malefică. Apoi, Kirk și echipajul eșuează pe o planetă glacială.
E6: Planeta iluziilor
Lansat: 13 Oct 1966
Kirk și echipajul îi salvează pe Harry Mudd și trei „mirese la comandă” din serviciul său matrimonial. Mudd încearcă să-l împiedice pe Kirk să-l dea pe mâna justiției.
E7: Din ce sunt făcute fetele?
Lansat: 20 Oct 1966
Enterprise îl caută pe faimosul om de știință Roger, ducându-l pe Kirk pe o planetă pustie unde Roger, care trăiește cu doi androizi cu aspect realist, îl atacă pe Kirk.
E8: Miri
Lansat: 27 Oct 1966
Enterprise ajunge pe o planetă unde un virus induce oamenilor o stare infantilă cronică. Când Kirk și echipa sa îi cad victime, doar Bones îi poate ajuta.
E9: Tăișul minții
Lansat: 03 Nov 1966
Un doctor dement scapă dintr-o colonie penală planetară și ajunge pe Enterprise. Kirk investighează, dar este spălat pe creier de directorul maniac al coloniei.
E10: Dispozitivul cu corbomită
Lansat: 10 Nov 1966
Enterprise scapă la limită de impunătoarea navă stelară a extraterestrului Balok, dar când acesta transmite un apel disperat, Kirk și echipajul îi sar în ajutor.
E11: Menajeria: Partea 1
Lansat: 17 Nov 1966
Spock îl răpește pe fostul căpitan al navei Enterprise, rănit, și stabilește direcția spre o planetă interzisă. Amenințat cu curtea marțială, Spock refuză să cedeze.
E12: Menajeria: Partea 2
Lansat: 24 Nov 1966
În timpul procesului lui Spock la curtea marțială, imaginile de la întâlnirea căpitanului Pike cu mediile talosiene dezvăluie motivul pentru care Spock a deturnat nava.
E13: Conștiința unui rege
Lansat: 08 Dec 1966
Kodos, un ucigaș în masă fugar, este actor în operele lui Shakespeare în secolul al XXIII-lea. Când un prieten este ucis, Kirk cere unei trupe de actori să investigheze.
E14: Echilibrul terorii
Lansat: 15 Dec 1966
Enterprise urmărește nave de război romulane care distrug avanposturi ale Federației. Similaritățile dintre aceștia și vulcanieni stârnesc resentimente față de Spock.
E15: Permisia
Lansat: 29 Dec 1966
Enterprise aterizează pe o planetă pitorească pentru repaus, dar momentele idilice iau sfârșit când un samurai și un cavaler sângeros îi atacă pe Sulu și Bones.
E16: Galileo
Lansat: 05 Jan 1967
Spock, Bones, Scotty și alții se prăbușesc pe o planetă unde sunt atacați de niște uriași mortali. Spock riscă viețile tuturor, chiar dacă are puține șanse de a-i salva.
E17: Scutierul lui Gothos
Lansat: 12 Jan 1967
Enterprise este capturată pe o planetă condusă de un extraterestru infantil fascinat de Napoleon, iar Kirk își oferă viața în schimbul libertății echipajului.
E18: Arena
Lansat: 19 Jan 1967
Extratereștrii îi răpesc pe Kirk și un gorn, un umanoid reptilian violent. Pentru a-și salva echipajele, Kirk și gornul trebuie să lupte până la moarte, dar Kirk refuză.
E19: Mâine este ieri
Lansat: 26 Jan 1967
O stea neagră trimite nava Enterprise înapoi în timp, pe Pământ, în anii '60. Înainte de a putea reveni, Kirk și echipajul trebuie să distrugă toate dovezile vizitei lor.
E20: Curtea marțială
Lansat: 02 Feb 1967
Un ofițer este ucis într-un accident, iar înregistrările îl indică pe Kirk drept vinovat. Dovezile prezentate la curtea marțială dezvăluie că i-a fost făcută o înscenare.
E21: Întoarcerea archonilor
Lansat: 09 Feb 1967
Enterprise călătorește spre o planetă unde o navă a Flotei Stelare dispăruse cu ani în urmă și găsesc un computer tiranic, ce stăpânește poporul oprimat.
E22: Sămânța cosmică
Lansat: 16 Feb 1967
Nava Enterprise întâlnește supraoameni brutali conduși de Khan Noonien Singh, care se luptă cu Kirk pentru control, întorcând un coleg devotat împotriva Flotei Stelare.
E23: Gustul apocalipsei
Lansat: 23 Feb 1967
Kirk ajunge pe o planetă unde membrii echipajului urmează să moară și află că se găsesc într-un război virtual, unde se comit sinucideri pentru a evita lupta adevărată.
E24: În acest loc din Paradis
Lansat: 02 Mar 1967
Enterprise aterizează pe o planetă unde toți devin foarte pasivi și afectuoși unul cu celălalt. Kirk află cauza în scurt timp.
E25: Demonul din umbră
Lansat: 09 Mar 1967
Kirk și Spock investighează de ce un monstru ucide mai mulți bărbați într-o colonie minieră. Spock află că ciudata creatură este inteligentă și are un motiv întemeiat.
E26: Îndurare
Lansat: 23 Mar 1967
Kirk încearcă să înființeze un avanpost pe o planetă locuită de aparent primitivii organieni. Când atacă klingonienii, organienii își arată adevăratul nivel al evoluției.
E27: Factorul alternativă
Lansat: 30 Mar 1967
Kirk se întâlnește cu Lazarus, care pretinde că își urmărește sinele paralel prin spațiu și timp și, dacă Kirk nu îl ajută, întregul multivers este în pericol.
E28: Orașul de la capătul eternității
Lansat: 06 Apr 1967
Bones călătorește înapoi în America anilor '30 și, din neatenție, distruge viitorul. Kirk și Spock călătoresc în timp ca să repare situația, iar Kirk se îndrăgostește.
E29: Operațiunea „Anihilați!”
Lansat: 13 Apr 1967
Pe o altă planetă, fratele lui Kirk este ucis de extratereștri de tip amibă, care îl infectează și pe Spock. Leacul lui Bones are efecte secundare surprinzătoare.